As contas do Estado não revelam a totalidade da despesa com benefícios fiscais às empresas. No parecer à Conta Geral do Estado de 2012, o Tribunal de Contas destaca a "omissão de 1045 milhões de euros, por benefícios atribuídos a SGPS (sociedade gestoras de participações sociais)", modelo de organização usado por grupos económicos. A Administração Tributária contesta a classificação de despesa fiscal e defende que estes valores de IRC não pago resultam do regime especial de tributação dos grupos de sociedade que prevê estas situações em caso de reinvestimento de lucros.